Ve svých textech a projevech se věnoval mimo jiné tématu evropské identity. Národní a evropskou identitu a sdílenou suverenitu považoval za komplementární (být Čechem není v rozporu s evropskou totožností). Evropský integrační projekt vnímal v prvé řadě jako ideový a odmítal přílišné soustředění se na jeho technokratickou a ekonomickou dimenzi.

Ve svých vystoupeních jej označoval za unikátní pokus o vytvoření soustátí (odlišného od federace i konfederace) založeného na demokratických hodnotách a úctě k lidským právům, které by podle něj mělo být příkladem k následování pro okolní svět. Současně oceňoval zásluhu tohoto projektu na udržení míru mezi evropskými národy a věřil, že po studené válce se Evropa již nikdy nenechá rozdělit, ale bude naopak prostorem a iniciátorem stále hlubší solidarity a spolupráce.

Václav Havel byl jednoznačným zastáncem rozšiřovacího procesu EU, kritikem destruktivních důsledků vyhroceného nacionalismu a samotnou Unii pokládal jako nejlepší z možných alternativ, kterou je třeba stále kultivovat.

Po vzoru federálního uspořádání jiných států navrhoval zřízení druhé nepřímo volené komory Evropského parlamentu, jejíž členové by byli voleni jednotlivými národními parlamenty. Tento koncept by podle jeho názoru zohledňoval velikost populace, rovnost hlasů mezi členskými státy a umožnil tak opuštění principu složení Evropské komise „jeden stát, jeden komisař“. Na přelomu nového tisíciletí se opakovaně vyslovil pro vznik „evropské ústavy“, která by měla být stručná a občanům srozumitelná.