Vztahy mezi ČR a Evropskou unií byly udržovány ještě před vstupem Česka do Unie. Dne 1. května 2004 vstoupila Česká republika spolu s dalšími devíti zeměmi do Evropské unie. ČR jako členský stát EU od té doby úzce spolupracuje s unijními institucemi a s ostatními členskými státy. Tato několikastranná spolupráce probíhá z velké části skrz českou vládu. 

Vládní cíle v rámci zahraniční politiky jsou úzce spjaté s Evropskou unií. Kromě jistých specifik, které jsou typické pro historický vývoj ČR, přijímá vláda směr EU v zahraničí za vlastní, zároveň se na něm spolupodílí skrze veškeré unijní instituce.

Důležitými milníky jsou i česká předsednictví Rady EU. Poprvé se Česká republika předsednictví v Radě EU ujala 1. ledna 2009. Přípravu českého předsednictví koordinoval Útvar místopředsedy vlády pro evropské záležitosti při Úřadu vlády, který vedl vicepremiér Alexandr Vondra. Česká republika byla po Slovinsku teprve druhým „novým“ členským státem, který měl možnost řídit Radu Evropské unie. České předsednictví také „vyšlo“ na výročí 20 let od pádu železné opony a páté výročí historicky největšího rozšíření EU, jehož součástí byla i Česká republika. Svého historicky druhého předsednictví se ČR ujala 1. července 2022. Předsednickou trojici tvořila v obou případech s Francií a se Švédskem.