Na konci 80. let se počet výborů, sestávajících ze zástupců Komise a (expertů) členských států, pohyboval okolo tisíce. Systém začal být neúnosný i z důvodu posilování pravomocí Evropského parlamentu, který jej kritizoval kvůli neprůhlednosti (nezohlednění role Evropského parlamentu).

Fungování komitologie bylo nejprve upraveno rozhodnutím 87/373 na základě Jednotného evropského aktu, a později rozhodnutími 1999/468 a 2006/512. Obecně se rozlišuje mezi třemi typy výborů: poradními, správními a řídícími (gesční). V případě prvního typu nemají členské státy na finální opatření Komise bezprostřední vliv, v případě druhého typu lze do celého procesu zapojit Radu, a tím opatření Komise pozdržet (ovšem pokud se Rada do tří měsíců nevyjádří, platí původní opatření). Třetí typ výborů omezuje Komisi nejvíce: nedisponuje-li souhlasem příslušného výboru, může své opatření přijmout maximálně s dočasnou platností. (V rámci komitologie se hlasuje kvalifikovanou většinou.) Z třetího typu se vyčleňovaly situace, kdy byla přijímána zvláštní, tzv. ochranná opatření – úkoly, ve kterých Komise mohla být zmocněna za účelem ochrany zájmů Společenství nebo jeho členům.

Od roku 2006 existuje ještě čtvrtý postup (tzv. regulativní postup s kontrolou): v případě, že Komise vykonává delegovanou (tzv. kvazilegislativní) pravomoc na základě normy přijaté procedurou spolurozhodování, může přijetí jejího opatření zablokovat jak Rada (kvalifikovanou většinou), tak Evropský parlament (většinou absolutní), a to ve lhůtě tří měsíců.

Lisabonská smlouva systém komitologie mění články 290 a 291 Smlouvy o fungování EU. Přijímání tzv. delegovaných aktů („aktů v přenesené pravomoci“) podle článku 290 fakticky odpovídá regulativnímu postupu s kontrolou, přijímání prováděcích aktů podle článku 291 „klasické“ komitologii (třem typům výborů). Delegované akty již nemusejí vznikat pouze na základě normy přijaté procedurou spolurozhodování. Rovněž v jejich případě de iure netřeba konzultací s národními experty (má k nim krom Evropského parlamentu docházet rovnou v Radě; naopak prováděcí akty se zapojením těchto institucí nadále nepočítají).