Rozlišují se následující základní kategorie pravomocí:

1. výlučné,

2. sdílené (členské státy je – s výjimkou činností v oblasti výzkumu, technologického rozvoje a vesmíru a společné politiky v oblasti rozvojové spolupráce a humanitární pomoci – vykonávají v rozsahu, v jakém je nevykonala EU) a

3. podpůrné, koordinační a doplňkové.

Oboustranná flexibilita

Daný (poměrně extenzivní) výčet pravomocí není v důsledku zavedení tzv. oboustranné flexibility nutně neměnný. Oboustranná flexibilita umožňuje nejen rozšíření (výlučných) pravomocí EU, ale naopak i jejich redukci. Článkem 241 Smlouvy o fungování EU lze ze strany členského státu požádat Komisi, aby předložila návrhy na zrušení legislativního aktu. Zástupci členských států zasedající na mezivládní konferenci také mohou postupem podle článku 48 odstavce 2 až 5 Smlouvy o EU rozhodnout o změně smluv, mimo jiné za účelem rozšíření nebo omezení pravomocí EU.

Nutno nicméně dodat, že „oslabování“ EU ve prospěch členských států lze čekat méně než proces opačný. Zvláště za situace, kdy sdílené pravomoci fakticky (z definice) představují/budou představovat pravomoci výlučné a institut tzv. lidové iniciativy (další z prvků, které mohou stávající skladbu pravomocí pozměnit) nejspíše bude realizovatelný obtížně. (Lidová iniciativa předpokládá nejméně jeden milion občanů EU pocházejících z podstatného počtu členských států. Může vyzvat Komisi, aby předložila vhodný návrh k otázkám, k nimž je nezbytné přijetí právního aktu. Komise nicméně nemusí lidovou iniciativu vzít meritorně v potaz.)

Bezprostředně se legislativní produkce EU dotkne změna neformálního označení procedury spolurozhodování na řádný legislativní postup a jeho rozšíření na většinu oblastí (tedy posílení Evropského parlamentu), s čímž souvisí i rozšíření hlasování kvalifikovanou většinou v Radě (včetně samotné konstrukce kvalifikované většiny; viz také box Kvalifikovaná většina).

Přechodová klauzule (passarelle)

S uvedenými posuny souvisí i tzv. přechodová klauzule (passarelle) upravená článkem 48 odstavcem 7 Smlouvy o EU a zvláštní přechodové klauzule (článek 81 odstavec 3 Smlouvy o fungování EU a dále pak 153 odstavec 2 Smlouvy o fungování EU, článek 192 odstavec 2 Smlouvy o fungování EU, článek 31 odstavec 3 Smlouvy o EU, článek 312 odstavec 2 Smlouvy o fungování EU a článek 333 odstavec 1 a 2 Smlouvy o fungování EU). Uvedená ustanovení umožňují, aby Evropská rada (v případě článku 81 odstavec 3 Smlouvy o fungování EU nikoliv Evropská rada, ale Rada) se souhlasem Evropského parlamentu rozhodla jednomyslně, že v určité oblasti nebo v určitém případě, kde rozhoduje Rada jednomyslně, bude Rada napříště rozhodovat kvalifikovanou většinou nebo že v určité oblasti, kde jsou legislativní akty přijímány zvláštním legislativním postupem, bude napříště platit pro přijímání těchto aktů řádný legislativní postup. Národní parlamenty nicméně musí být podle článku 6 Protokolu o úloze vnitrostátních parlamentů v EU o použití passarely informovány nejméně 6 měsíců před přijetím rozhodnutí a kterýkoliv z nich jej může vetovat (tzv. červená karta).[1]

Posílení role národních parlamentů

Lisabonská smlouva přináší i další (formální) posílení národních parlamentů, pokud jde o jejich zapojení do legislativního procesu (viz též část 2.2.). Podle článku 12 Smlouvy o EU a Protokolu o používání zásad subsidiarity a proporcionality mají národní parlamenty 8 týdnů od zaslání návrhu na to, aby posoudily jeho soulad s principem subsidiarity. Třetina z celkového počtu přidělených hlasů[2] (jednokomorový parlament disponuje dvěma hlasy, v bikamerálním systému má každá komora hlas jeden) je oprávněna předložit tzv. odůvodněné stanovisko a Komise musí svůj návrh přezkoumat (nikoliv však striktně změnit nebo stáhnout, proto se o daném mechanismu hovoří jako o tzv. žluté, nikoliv červené kartě). Pokud Komise na projednání návrhu i nadále trvá – a v jeho neprospěch se s ohledem na princip subsidiarity postaví prostá většina hlasů komor národních parlamentů-, musí být její odůvodnění spolu s odůvodněnými stanovisky národních parlamentů předloženo Evropskému parlamentu a Radě. Pokud se ve prospěch národních parlamentů vysloví 55 % členů Rady nebo většina odevzdaných hlasů Evropského parlamentu, další projednávání návrhu se zastavuje. Tento mechanismus bývá označován jako tzv. oranžová karta. (Národní parlamenty budou mít vedle uvedených postupů také možnost podat podle článku 8 Protokolu o používání zásad subsidiarity a proporcionality návrh na zahájení řízení o neplatnosti legislativního aktu v případě nedodržení principu subsidiarity při přijímání legislativního aktu EU.)

Změny v procesu komitologie

Pokud jde o systém komitologie, resp. delegaci pravomocí na Komisi a její kontrolu, Lisabonská smlouva jej mění články 290 a 291 Smlouvy o fungování EU. Rozlišuje mezi tzv. delegovanými a prováděcími akty. Přijímání delegovaných aktů („aktů v přenesené pravomoci“) odpovídá tzv. regulativnímu postupu s kontrolou (do nějž je zapojen Evropský parlament a Rada), přijímání aktů prováděcích „klasické“ komitologii (poradním, správním a řídícím výborům bez přímého zapojení Evropského parlamentu a Rady).

[1] Stávající doložka flexibility, tedy možnost přijmout opatření k dosažení některého z cílů EU, i když jí k tomu smlouvy neposkytují nezbytné pravomoci, se článkem 352 Smlouvy o fungování EU rozšiřuje na všechny politiky vyjma společné zahraniční a bezpečnostní. Rada o uplatnění doložky rozhoduje jednomyslně se souhlasem Evropského parlamentu, přičemž Komise informuje parlamenty národní.
[2] V případě návrhu týkajícího se policejní spolupráce a soudní spolupráce v trestních věcech postačuje čtvrtina.