Schengenský informační systém (SIS) slouží zejména k pátrání po osobách a věcech. SIS obsahuje informace o vybraných osobách a věcech:

• o osobách, jež čelí na území schengenského prostoru trestnímu stíhání a žádá se u nich o předání na základě evropského zatýkacího rozkazu, nebo o osobách, u nichž se žádá o vzetí do předběžné vazby za účelem vydání;
• o státních příslušnících třetí země, kterým je nutno odepřít vstup na území států Schengenu;
• o pohřešovaných osobách a o osobách, které v zájmu své vlastní ochrany nebo předcházení nebezpečí musí být dočasně pod policejní ochranou;
• o osobách, u nichž je třeba zjistit pobyt pro účely trestního řízení;
• o osobách a předmětech, které jsou předmětem skryté kontroly nebo specifické kontroly;
• o ztracených a odcizených předmětech nebo předmětech hledaných za účelem zajištění důkazů v trestním řízení (např. odcizená, neoprávněně užívaná nebo pohřešovaná motorová vozidla, střelné zbraně, nevyplněné úřední doklady, bankovky, odcizené kreditní karty atd.)

Prověření záznamů v SIS tvoří od 1. září 2007 standardní součást důkladné hraniční kontroly všech občanů třetích zemí překračujících státní hranice ČR, kteří nepožívají práva Společenství na volný pohyb.

Prověření v SIS je za určitých podmínek možné rovněž při kontrole osob požívajících práva Společenství na volný pohyb (tj. občanů EU/Schengenu, Lichtenštejnska, Švýcarska a jejich rodinných příslušníků, kteří je na cestě doprovázejí) tak, jak byly doposud prověřovány v národních databázích.

V rámci minimální kontroly je možné vyhledání v příslušných databázích (včetně SIS) z důvodu zjištění, zda předložený cestovní doklad není odcizeným, neoprávněně užívaným, ztraceným nebo neplatným cestovním dokladem.

Na nepravidelné bázi, tj. nikoliv systematicky, je možná kontrola osob požívajících práva Společenství na volný pohyb i za účelem ujištění, že jejich přítomnost na území ČR (resp. schengenského prostoru) nepředstavuje skutečnou, aktuální a dostatečně vážnou hrozbu pro vnitřní bezpečnost nebo veřejný pořádek ČR nebo hrozbu pro veřejné zdraví nebo mezinárodní vztahy. Kontrola v SIS na rozdíl od jiných občanů třetích zemí není prováděna systematicky, tj. netýká se každé osoby překračující vnější schengenské hranice. Oproti občanům třetích zemí, kteří nepožívají právo Společenství na volný pohyb, však není případný záznam v SIS nebo v jiné databázi sám o sobě důvodem k odepření vstupu. Odepřít vstup lze pouze z důvodu veřejného pořádku nebo veřejné bezpečnosti, tj. pokud jejich osobní chování představuje skutečné, aktuální a dostatečně závažné ohrožení některého ze základních zájmů společnosti.

Prověření v SIS může být prováděno rovněž v rámci standardních policejních kontrol ve vnitrozemí.

Každá osoba může od 1. září 2007 žádat informaci o zpracování svých osobních údajů v SIS a má možnost uplatnit své právo přístupu k údajům v SIS. Se svoji žádostí se může obrátit přímo na správce osobních údajů (v ČR Policejní prezidium: poštovní adresa: Policie ČR, Policejní prezidium ČR, Strojnická 27, 170 89 Praha 7), a pokud není ve své žádosti uspokojena na dozorový orgán, který dbá na dodržování pravidel ochrany osobních údajů – v ČR Úřad pro ochranu osobních údajů.

Systém SIS je stále největší a nejvyužívanější databází v rámci spolupráce v oblasti justice a vnitra mezi členskými státy EU. SIS prošel reformou v roce 2018, která efektivněji pomůže například v boji s nelegální migrací tak, že bude obsahovat záznamy o občanech třetích zemí, kteří podléhají rozhodnutí o návratu. Dále budou v záznamu hlášeny záznamy o dětech, kterým může hrozit únos, nucený sňatek a další zneužití. Zároveň je zde dán důraz na ochranu dat.