1. Přímé řízení – Evropská komise řídí vynakládání peněz z rozpočtu sama v případech, kdy dané projekty provádějí přímo její útvary v ústředí, při delegacích EU nebo prostřednictvím výkonných agentur EU. Řízením rozpočtu se rozumí udělování grantů, převádění finančních prostředků, monitorování, výběr dodavatelů a další činnosti.

2. Nepřímé řízení – O nepřímé řízení programů financování se jedná v případech, kdy tyto programy realizují nečlenské země, mezinárodní organizace, rozvojové agentury či další subjekty. Možnosti financování projektů, jež do tohoto režimu řízení spadají, zveřejňují samy tyto řídicí orgány

3. Sdílené řízení – Dohodami o sdíleném řízení svěřuje Evropská komise řízení určitých programů zemím EU. Tyto dohody, jež jednotlivé země vypracovávají ve spolupráci s Evropskou komisí, vymezují způsob, jakým budou finanční prostředky během období financování využívány. Toto období se obvykle shoduje s obdobím trvání víceletého finančního rámce. Členské státy následně svěřují správu evropských peněz především řídicím orgánům, např. ministerstvům a dalším veřejnoprávním subjektům. Tyto instituce pak odpovídají za pořádání a vyhlašování výzev k podávání návrhů a zadávacích řízení. V rámci sdíleného řízení je v praxi spravováno přibližně 80 % finančních prostředků EU.

Cílem sdíleného řízení je zajistit, aby rozhodnutí byla přijímána co nejblíže občanům a aby opatření na úrovni EU byla odůvodněná s ohledem na možnosti a specifika na vnitrostátní, regionální nebo místní úrovni. Sdílené řízení přibližuje Evropu občanům a spojuje místní potřeby s evropskými cíli. Kromě toho zvyšuje pocit odpovědnosti za cíle EU, jelikož členské státy a Komise sdílejí rozhodovací pravomoc a odpovědnost a programy financují společně.